La desheredada está llena de personajes, algunos de los más importantes son:
- Isidora: es el personaje más importante y trascendental de toda la obra y sobre el que gira la argumentación. Llega a Madrid para visitar a su padre que ya está muy enfermo y que poco después muere en el manicomio de Leganés. Su padre, Tomás Rufete, la educó y la concienció de que pertenece a la casa de Aransis y que por lo tanto es noble y que tiene que luchar por ello. Es consumista, poco ahorradora, apetitosa y poco trabajadora, adjetivos que no mejora en toda la obra porque ella piensa que no es necesario ya que va a ser noble. Encarna a aquella parte de la sociedad que vive de las apariencias, que se gastan antes su dinero en ropa o cualquier otro artículo con el que presumir dejando a un lado incluso la comida. Sus actos tienen el fin de conseguir su sueño, por ejemplo antes de casarse con Juan Bou, un hombre honrado, prefiere mirar a Joaquín Pez, de familia pudiente e influyente. Ella no trabajaba y odiaba el esfuerzo, y a ello contribuía que su tío el canónigo la diese el sustento. En conclusión, representa todo lo que Galdós critica con esta obra y por ello es para ella el peor final. Isidora puede ser considerada, en cambio, no como un reflejo de la locura que rige la sociedad, sino como vía para un pesimismo también inherente a esta obra, también por este reflejo de la sociedad.
- Tomás Rufete: Es el padre de Isidora. Aunque tan sólo aparece en el primer capítulo, participa activamente en el fin de Isidora, conseguir pertenecer a la casa de Aransis. Aparece en la obra como una persona no muy cuerda, que es internado en el manicomio de Leganés y muere finalmente. Es él principalmente quien influyó y concienció a Isidora las ideas de su pertenencia al marquesado, intentando demostrarlo con unos documentos que en el posterior pleito fueron declarados nulos. Su origen manchego puede estar considerado c
- Encarnación Guillén: Es la tía de Isidora y se la conoce como ''la Sanguijuelera''. Es un personaje que juega un papel muy importante en la obra. Aunque cuando la madre de Isidora murió, Isidora se fue a vivir con su tío a La Mancha, su hermano se quedó con su tía en la calle Embajadores de Madrid. La Sanguijuelera es un personaje avaro, desconfiado y resignado. Su carácter se contrapone al de Isidora y al que Mariano irá acogiendo gracias a Isidora, es decir, no emplea crítica alguna a la nobleza o a los más ricos, sino una alabanza al trabajo y a la honradez. Otra contraposición a Isidora es su crítica a Tomás Rufete al cual le culpa de ''haber metido pájaros en la cabeza'' a Isidora en relación con las aspiraciones de Isidora a la nobleza. Encarnación jamás apoya a Isidora en sus aspiraciones, pero la da consejos y trabajo, los cuales rechaza Isidora. Conoció a Isidora cuando ésta tenía muy temprana edad y hasta que Isidora no volvió a Madrid por la muerte de su padre no la volvió a ver. La acogió durante un tiempo, pero el carácter recto y trabajador de la Sanguijuelera no congeniaba con la rebelde Isidora.
- Mariano: Es hermano de Isidora y sobrino de Encarnación. Su carácter está marcado por su edad, 13 años al comienzo de la obra, pero con el trabajo de un adulto en la industria de Juan Bou. La situación de Mariano muestra cómo entonces se relacionaba el dinero con la educación, motivo por el que Mariano no pudo recibir una educación digna y se viese obligado a trabajar. Sus chiquilladas y sus actos infantiles muestran una rebeldía innata contra su situación, con mente de niño pero con vida y con responsabilidades de adulto. Con la llegada de Isidora y del dinero que reciben por parte de su tío el canónigo su vida cambia: deja de trabajar e Isidora pretende convertirlo en un hombre elegante. Lo lleva al teatro y le paga estudios en un colegio del que acabará escapándose por haberse convertido en la burla de sus compañeros e, incluso, de sus profesores por su poco nivel cultural. Al final de la obra acaba ganándose el sustento con petardos, incluso acaba disparando contra un noble rico llevando así al extremo los ideales que acogió gracias a la educación que le da Isidora.
- Francisca: Es la madre de Isidora y de Mariano. Aunque murió con prontitud, tuvo que aguantar durante bastantes años a un marido enloquecido y obsesionado por el dinero. Según Muñoz y Nones sabía que los documentos que Tomás Rufete usó para probar su teoría ante Isidora eran falsificados, por ello Isidora notaba cómo Francisca agachaba la cabeza cada vez que Tomás Rufete hablaba a Isidora sobre el asunto del marquesado.
- José de Relimpio: Es padrino de Isidora y uno de los personajes que más cariño la profesan. Es trabajador y honrado, y no comparte para nada las ideas de Isidora, y sí las del esfuerzo y la constancia para conseguir lo que cada uno se propone, tampoco cree en los documentos de Isidora pero declara a favor de ella en el juicio por los asuntos del marquesado de Aransis. Durante la mayor parte de la obra Isidora se aloja en la casa de la familia Relimpio aún con la disconformidad de hijas Laura y Emilia y de su mujer. El final de este personaje es tan malo como el de Isidora: muerto por alcohol.
- Augusto Miquis: Se trata de uno de los personajes positivos en la obra, no sólo por el argumento sino también hacia Isidora: es médico y su relación con la ciencia tiene mucho que ver con el movimimiento literario en el que se encuadra esta obra. Además, es destacable que este personaje no sólo aparece en esta obra sino también en otras de Galdós como Tristana o como El doctor entre el centeno.